Пока Цезарь успешно воевал в Галлии, в Вечном городе назревали серьезные события. Гибель Марка Красса в проигранном сражении против парфян при Каррах привела к распаду триумвирата. Началась длительная и кровопролитная борьба между Цезарем и Гнеем Помпеем, очередная гражданская война в Древнем Риме, разделившая ее граждан на два лагеря. На два враждебных лагеря разделились и римские легионы, стоявшие в провинциях. Каждый из двух недавних триумвиратов стремился установить личную власть в Риме. Помпей возглавил сторонников сенатской республики, Цезарь — ее противников (огромные завоевания в Галлии принесли ему популярность в Риме). В 49 году сенат, досрочно прекратив наместничество Цезаря, приказал ему распустить армию и возвратиться в Рим в качестве частного лица. Это был прямой вызов полководцу со стороны его врагов-помпейцев.
В ответ в январе того же года Гай Юлий Цезарь во главе своих легионов пошел на Вечный город, войсками которого командовал Помпей. Начало междоусобной, гражданской войны в Древнем Риме ознаменовалось тем, что цезарианцы ночью перешли реку Рубикон, за которой собственно и начиналась римская территория. Перед этой переправой полководец сказал свои знаменитые в истории слова: «Жребий брошен!»
Опытные легионы Цезаря, солдатам которых было обещано огромнейшее вознаграждение за конечную победу, начали повсеместно теснить армию Гнея Помпея. Гражданская война началась тем, что войска наместника Галлии всего за два месяца овладели Северной Италией и после этого беспрепятственно двинулись на Рим.
Помпей пытался защитить Вечный город от цезарианцев. Но в сражении при Илерде в 49 году потерпел полное поражение и с остатками своих легионов (примерно 25 тысяч человек) и со своими сторонниками-сенаторами отступил из Рима через Бриндизи в Грецию столь поспешно, что даже не успел захватить с собой государственную казну. Последнее обстоятельство оказало Помпею плохую услугу. Ему не на что было нанимать войско, а его собственные легионеры, лишенные жалованья, стали перебегать во вражеский стан. В отличие от Помпея, его противник в одночасье стал сказочно богат. Гай Юлий Цезарь во главе обожествлявшей его армии отправился сперва в Испанию, где Гней Помпей был наместником и где находились семь верных ему легионов под командованием военачальников Афрания и Петрея. Поручив управление столицей Эмилию Лепиду, а командование войсками в Италии Марку Антонию, Цезарь заявил: «Прежде я намерен напасть на войска без полководца, а потом возвращусь к полководцу без войск».
В июле 49 года легионы помпейцев были блокированы в городе Илерда. 2 августа Цезарь принудил к сдаче испанские легионы, распустил их и пополнил оставшимися «без работы» легионерами Афрания и Петрея собственную армию. Но перед этим всем помпейским легионерам и военачальникам было сохранено все личное имущество и даже возвращена добыча, то есть награбленное в Испании. После этого Цезарь поспешил к Массилии (Марселю), который осаждали его войска. Осажденные помпейцы, которыми начальствовал Домиций Агенобарб, завели переговоры о мире, и вскоре массилийский гарнизон капитулировал на приемлемых для него условиях. Только после этого новый правитель Древнего Рима морем переправился с войсками в Элладу. Оказавшись на греческой земле, Помпей разбил походный лагерь неподалеку от города Диррахия в Эпире и хорошо укрепил его. Когда первый эшелон цезарианцев высадился на греческую землю, их корабли отправились обратно в Италию за новыми войсками. Но все 30 кораблей были захвачены и сожжены помпейским флотом (а это был почти весь римский военный флот), которым умело командовал Марк Кальпурний Бибул.
Положение Цезаря стало отчаянным — он имел под своим командованием всего 15 тысяч легионеров и 600 всадников. Только благодаря умелым действиям Марка Антония из Италии удалось доставить еще 3 легиона и 800 конных воинов. Обе части цезарианской армии сумели соединиться до того, как противник вознамерился этому помешать. Подошедший к Диррахии Цезарь расположил свою армию между городом и вражеским лагерем, перерезав таким образом главные неприятельские коммуникации. Вокруг неприятельского лагеря цезарианцы устроили «исполинский» вал. Помпейцы, со своей стороны, тоже устроили оборонительный вал. К Помпею перебежало два военачальника галльской конницы Цезаря, которые указали слабое место в линии полевых укреплений наместника Галлии. Это побудило первого атаковать боевые порядки цезарианцев всеми имеющимися силами. Потеряв в бою тысячу легионеров, Помпей все же прорвал их ряды и вынудил противника отступить. Все взятые в плен были убиты.
Осенью 49 года не покинувшие Рим вместе с Гнеем Помпеем сенаторы торжественно провозгласили Гая Юлия Цезаря диктатором. С этого дня он стал фактически монархом. Римской республике пришел конец. Затем состоялось известное сражение в Фессалии при Фарсале 9 августа 48 года: Помпей имел под своим командованием 40 тысяч человек пехоты и 3 тысячи кавалеристов, а Цезарь — 30 тысяч пехоты и 2 тысячи конников. Сам же Цезарь в своих мемуарах утверждает, что при Фарсале у него сил было в полтора раза меньше. В начале битвы помпейская конница отбросила конницу противника, но увлекшись ее преследованием, попала под неожиданный удар шести когорт легионеров, скрытых Цезарем за своим правым флангом. После этого ей пришлось обратиться в бегство, увлекая за собой пеших воинов. Легионеры Помпея стали тысячами сдаваться в плен противной стороне, зная, что им будет сохранена жизнь.
В этой битве победители потеряли всего 200 легионеров и 30 центурионов, а побежденные — 8 тысяч, не считая еще 30(по другим сведениям — 20) тысяч, сдавшихся в плен. Им была дарована жизнь. После этого цезарианцы ворвались в походный лагерь Гнея Помпея, где им сдалось еще 13 тысяч человек. Оставшись без армии, бывший триумвиратор на корабле бежал в Египет в надежде найти там убежище и возобновить вооруженную борьбу со своим противником. Однако египетские власти не дали побежденному римскому полководцу даже высадиться на берег: он был убит прямо в лодке своим центурионом Сиптимием и египтянином Ахиллом, когда подплыл к берегу.
